Balai Wilayah Sungai menyelenggarakan fungsi:

1. penyusunan pola pengelolaan sumber daya air dan rencana pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai;
2. penyusunan program pengelolaan sumber daya air dan rencana kegiatan pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai;
3. pemantauan dan evaluasi penyelenggaraan atau penerapan pola pengelolaan sumber daya air dan rencana pengelolaan sumber daya air;
4. penyusunan studi kelayakan dan perencanaan teknis, desain, dan pengembangan sumber daya air;
5. pelaksanaan pengadaan barang dan jasa sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
6. pelaksanaan penerapan sistem manajemen keselamatan dan kesehatan kerja;
7. pengelolaan sumber daya air yang meliputi konservasi sumber daya air, pendayagunaan sumber daya air, dan pengendalian daya rusak air pada wilayah sungai;
8. pengelolaan drainase utama perkotaan;
9. pengelolaan sistem hidrologi;
10. pengelolaan sistem informasi sumber daya air;
11. pelaksanaan operasi dan pemeliharaan sumber daya air pada wilayah sungai;
12. pelaksanaan pemberian bimbingan teknis pengelolaan sumber daya air yang menjadi kewenangan provinsi dan kabupaten/kota;
13. penyusunan dan penyiapan rekomendasi teknis dalam pemberian izin penggunaan sumber daya air pada wilayah sungai;
14. penyusunan saran teknis untuk pengalihan alur sungai dan pemanfaatan bekas sungai;
15. penyusunan dan pelaksanaan kajian penetapan garis sempadan sungai, garis sempadan danau, garis sempadan situ, dan garis sempadan jaringan irigasi;
16. pemberdayaan masyarakat dalam pengelolaan sumber daya air;
17. fasilitasi kegiatan tim koordinasi pengelolaan sumber daya air pada wilayah sungai;
18. pelaksanaan penyusunan laporan akuntansi keuangan dan akuntansi barang milik negara selaku unit akuntansi wilayah;
19. pelaksanaan pemungutan, penerimaan, dan penggunaan biaya jasa pengelolaan sumber daya air sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
20. pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga Balai serta komunikasi publik;
21. penyusunan perjanjian kinerja dan laporan kinerja Balai; dan
22. pelaksanaan pemantauan dan pengawasan penggunaan sumber daya air dan penyidikan tindak pidana bidang sumber daya air.