Balai Wilayah Sungai Sulawesi I berdiri pada tanggal 7 November 2006 yang dilandasi pada peraturan hukum Keputusan Menteri Pekerjaan Umum No.13/PRT/M/2006 Tanggal 17 Juli 2006 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Wilayah Sungai, dimana pada peraturan menteri tersebut tertuang Balai Wilayah Sungai Sulawesi I merupakan salah satu dari 7 Balai Wilayah Sungai Tipe B yang berlokasi di Manado.

Pada awal pendirian Balai Wilayah Sungai Sulawesi I, susunan Jabatan Struktural yang ada terdiri dari Kepala Balai Wilayah Sungai Sulawesi I, Kepala Sub Bagian Tata Usaha, Kepala Seksi Program dan OP, dan Kepala Seksi Pelaksanaan. Disamping posisi jabatan struktural yang ada tersebut, terdapat 1 Satuan Kerja dan 1 Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu yang berdiri melekat dalam rangka pelaksanaan kegiatan fisik pembangunan SDA di Wilayah-Wilayah Sungai Kewenangan BWS Sulawesi I.

Seiring dengan berjalannya waktu, yang dimulai dengan perubahan nomenklatur Kementerian yaitu Kementerian Pekerjaan Umum menjadi Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat pada awal tahun 2015 dan dikeluarkannya Peraturan Menteri PUPR Nomor 4/PRT/M/2015 tentang Kriteria dan Penetapan Wilayah Sungai,maka di Balai Wilayah Sungai Sulawesi I mengalami beberapa perubahan menyangkut susunan pejabat struktural maupun Satuan Kerja / SNVT yang melekat. Untuk  pengelolaan wilayah sungai di Provinsi Sulawesi Utara pada saat ini Balai Wilayah Sungai Sulawesi I memiliki kewenangan pengelolaan 2 Wilayah Sungai dari 3 Wilayah Sungai yang ada yaitu Wilayah Sungai Dumoga-Sangkub dan Wilayah Sungai Tondano-Sangihe-Talaud-Miangas, sedangkan Wilayah Sungai Poigar-Ranoyapo masuk dalam wewenang Pemerintah Provinsi Sulawesi Utara.

Kemudian pada tahun 2016, berdasarkan Peraturan Menteri PUPR No. 20 Tahun 2016 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat, Balai Wilayah Sungai Sulawesi I beralih tipe menjadi Balai Wilayah Sungai Tipe A.

Susunan jabatan struktural yang ada pun terdiri dari Kepala Balai Wilayah Sungai Sulawesi I, Kepala Subbagian Umum & Tata Usaha, Kepala Seksi Keterpaduan Pembangunan Infrastruktur SDA, Kepala Seksi Pelaksanaan, dan Kepala Seksi Operasi dan Pemeliharaan. Disamping posisi jabatan struktural yang ada, terdapat 2 Satuan Kerja dan 3 Satuan Kerja Non Vertikal Tertentu yang berdiri melekat dalam rangka pelaksanaan kegiatan fisik pembangunan SDA di Wilayah-Wilayah Sungai Kewenangan BWS Sulawesi I.