Berdasarkan Permen PUPR No. 4 tahun 2015 tentang kriteria dan penetapan Wilayah Sungai, Provinsi Sulawesi Utara terbagi atas 3 WS (Wilayah Sungai). Berikut Wilayah Sungai yang berada pada Provinsi Sulawesi Utara, yaitu:
Sesuai dengan Peraturan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat Nomor 04/PRT/M/2015 tentang Kriteria dan Penetapan Wilayah Sungai, Wilayah Sungai Tondano-Sangihe-Talaud-Miangas yang selanjutnya disebut dengan WS TSTM ditetapkan sebagai wilayah sungai strategis nasional yang pengelolaannya merupakan kewenangan Pemerintah Pusat c.q. Direktorat Jenderal Sumber Daya Air Kementerian Pekerjaan Umum. Secara operasional WS ini berada dibawah pengelolaan Balai Wilayah Sungai (BWS) Sulawesi I yang berkedudukan di Manado (Provinsi Sulawesi Utara).